คนที่เป็นโรคผิวหนังภูมิแพ้มีแนวโน้มที่จะติดเชื้อที่ผิวหนังโดยเฉพาะคนที่เป็นไวรัสแบคทีเรียและเชื้อรา ในผู้ที่มีอาการนี้ระบบภูมิคุ้มกันจะมุ่งเน้นไปที่การแพ้มากกว่าการต่อสู้กับการติดเชื้อ ทฤษฎีหนึ่งก็คือระบบภูมิคุ้มกันเมื่อมีอาการแพ้มากเกินไปจะมีสารเคมีต่อสู้กับการติดเชื้อน้อยลงทำให้แบคทีเรียหลายชนิดโดยเฉพาะเชื้อ Staphylococcus aureusยิงง่ายขึ้นในการล่าอาณานิคมและแม้กระทั่งการติดเชื้อที่ผิวหนังของผู้ที่เป็นโรคผิวหนังภูมิแพ้ นอกจากนี้ผู้ที่เป็นโรคผิวหนังภูมิแพ้ยังเสี่ยงต่อการติดเชื้อได้ง่ายกว่าเนื่องจากการทำงานของเกราะป้องกันของผิวหนังภูมิแพ้ถูกทำลาย ซึ่งหมายความว่าโรคนี้ทำให้ผิวหนังแตกซึ่งเชื้อจุลินทรีย์ที่ก่อให้เกิดการติดเชื้อสามารถเข้าไปได้
การล่าอาณานิคมของแบคทีเรีย
การล่าอาณานิคมและการติดเชื้อโดยเชื้อ Staphylococcus aureusทำให้เกิดปัญหาต่างๆในผู้ที่เป็นโรคผิวหนังภูมิแพ้ แบคทีเรียนี้ไม่เพียง แต่ทำให้เกิดการติดเชื้อที่ผิวหนังเช่นพุพองเท่านั้น แต่ยังก่อให้เกิดสารพิษจากแบคทีเรียซึ่งสามารถทำให้ผิวหนังอักเสบและขัดขวางการทำงานของเกราะป้องกันตามธรรมชาติของผิวหนัง สารพิษจากแบคทีเรียเหล่านี้สามารถทำให้แผลพุพองแย่ลงและการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะอาจช่วยเพิ่มการลุกลามของโรคผิวหนังภูมิแพ้ได้ในบางกรณีเมื่อยาต้านการอักเสบทั่วไปเช่นคอร์ติโคสเตียรอยด์เฉพาะที่ไม่เพียงพอสำหรับการจัดการ
การติดเชื้อรา
การติดเชื้อราเช่นเกลื้อนและการติดเชื้อยีสต์ยังพบได้บ่อยในผู้ที่เป็นโรคผิวหนังภูมิแพ้ บางส่วนอาจเกิดจากการใช้สเตียรอยด์เฉพาะที่ซึ่งสามารถกดภูมิคุ้มกันของผิวหนังได้
แต่ก็อาจเป็นการตอบสนองต่อการขาดสารเคมีพิเศษในการต่อสู้กับการติดเชื้อในผิวหนังของผู้ที่เป็นโรคผิวหนังภูมิแพ้ การรักษาการติดเชื้อราสามารถทำให้อาการของโรคผิวหนังภูมิแพ้ดีขึ้นได้
การติดเชื้อไวรัส
การติดเชื้อไวรัสยังพบได้บ่อยในผู้ที่เป็นโรคผิวหนังภูมิแพ้ ผู้ที่เป็นโรคผิวหนังภูมิแพ้และการติดเชื้อเริมอย่างรุนแรงจำเป็นต้องใช้ยาต้านไวรัสในช่องปากหรือทางหลอดเลือดดำเพื่อรักษาการติดเชื้อเหล่านี้